Thông tin về việc Thế vận hội sẽ quay trở lại với Hy Lạp đã được đón nhận một cách nồng nhiệt bởi công chúng, giới truyền thông và gia đình hoàng gia. Theo như Coubertin thì "Thái tử Constantine đón nhận thông tin Thế vận hội được khởi đầu tại Athens với niềm vui sướng tột cùng". Coubertin còn xác nhận rằng "Đức vua và Thái tử sẽ bổ nhiệm người để tổ chức Thế vận hội". Sau đó Coubertin cũng thông báo rằng ông sẽ đảm đương chức chủ tịch của Ủy ban tổ chức 1896[9].

Tuy nhiên, đất nước Hy Lạp lúc đó đang gặp phải một số khó khăn về tài chính cũng như hỗn loạn về chính trị. Chức vụ thủ tướng lần lượt thuộc về Charilaos Trikoupis và Theodoros Deligianis trong suốt những năm cuối của thế kỷ XIX. Vì vậy, cả thủ tướng Trikoupis và Stephanos Dragoumis, chủ tịch Ủy ban Thế vận hội Zappas, một ủy ban đã nỗ lực tổ chức hàng loạt kỳ Thế vận hội trong nước, đã tin rằng Hy Lạp không thể tổ chức được kỳ Thế vận hội 1896[10]. Cuối năm 1894, ủy ban tổ chức dưới quyền của Stephanos Skouloudis đã đưa ra bản báo cáo rằng tổng chi phí cho kỳ Thế vận hội này có thể cao gấp ba lần ước tính của Coubertin. Họ kết luận rằng tốt nhất không nên tổ chức sự kiện này và đưa ra lời rút lui. Tổng chi phí lên tới con số 3.740.000 drachma (khoảng 448.000 đô-la Mỹ) [11].

Với viễn cảnh khôi phục Thế vận hội không mấy sáng sủa, Coubertin và Vikelas bắt đầu một chiến dịch để cứu nguy cho kế hoạch. Nỗ lực của họ bắt đầu vào ngày 7 tháng 1 năm 1895 khi Vikelas thông báo rằng Thái tử Constantine sẽ nắm chức chủ tịch Ủy ban tổ chức. Trách nhiệm đầu tiên của ông là phải quyên góp đủ số tiền cần thiết để tổ chức Thế vận hội. Ông đã đánh vào lòng yêu nước của người dân Hy Lạp để thúc đẩy nguồn cung ứng tài chính[12]. Sự nhiệt tình của Thái tử Constantine đã làm dấy lên phong trào quyên góp tiền từ công chúng. Riêng giới thường dân đã góp được 330.000 drachma. Một bộ tem thư đặc biệt đã được đặt mua với trị giá lên đến 400.000 drachma. Với yêu cầu của Constantine, thương gia George Averoff đã đồng ý chi trả tới 1 triệu drachma cho việc trùng tu sân vận động Panathinaiko[13]. Để ghi nhớ công lao của Averoff, một bức tượng của ông đã được dựng lên bên ngoài sân vận động và kéo rèm ngày 5 tháng 4 năm 1896. Ngày nay, bức tượng Averoff vẫn còn ở nguyên vị trí cũ[14].

Một số vận động viên tham dự Thế vận hội vì họ tình cờ có mặt ở Athens để du lịch hoặc có công chuyện trong suốt thời gian sự kiện thể thao này được tổ chức, ví dụ như một số vận động viên người Anh làm việc tại đại sứ quán. Ngôi làng Thế vận hội cho các vận động viên chỉ được xây dựng từ kỳ Thế vận hội Mùa hè 1932. Do đó họ phải tự túc lo chỗ ăn ở tạm thời.

Nội quy đầu tiên được IOC thông qua năm 1894 là chỉ chấp thuận các vận động viên nghiệp dư được tham dự Thế vận hội[15]. Nhiều cuộc tranh tài được tổ chức dưới luật thi đấu dành cho giới nghiệp dư, ngoại trừ môn đấu kiếm[16]. Nội quy này không được thay đổi, do vậy ban tổ chức phải lựa chọn bộ luật của nhiều liên đoàn thể thao quốc gia. Ban giám khảo, trọng tài và người điều khiển trận đấu được gọi bằng những cái tên theo kiểu cổ nhân (Ephar, Helanodic và Alitarc). Hoàng tử George là người đóng vai trò trọng tài cấp cao nhất, theo như Coubertin, "sự hiện diện của ông mang đến sức nặng quyền lực tới quyết định của các giám sát viên" [17].